Az 1567. évi pestis idején, amikor a város vezetői valamennyien elmenekültek Milánóból, ő hősies önfeláldozással állt helyt a vész sújtotta városban, és ápolta a betegeket. Minden vagyonát az ínséget szenvedőkre költötte, és ahol orvossággal már nem tudott segíteni, vigaszt öntött a lelkekbe.
Papjainak gondját viselte. Hatalmas egyházmegyéjét háromszor látogatta végig. A kolostorokban és a szerzetesrendekben szerető szigorral szüntette meg a visszaéléseket. Bár az egyházi és világi vezetők barátságukkal tüntették ki, megőrizte alázatát, a szegények szerető atyja maradt. Előkelő kapcsolatait sohasem használta fel családi vagy baráti érdekek előmozdítására, csupán a lelkek és Isten Országának előmenetelére. Sokat tett a tridenti zsinat szerencsés befejezéséért, és ő volt az első, aki a zsinati határozatokat végre is hajtotta.
forrás: Hankovszky Miklós
Borromeo Szt Károly nevéhez fűződik a Turini-lepelnek Torinóba vitele. Az ok egy fogadalom volt: Borromeo Szent Károly a nagy pestisjárvány idején fogadalmat tett: ha az Úr véget vet a járványnak, hálából elzarándokol a lepelhez. Emanuele Filberto herceg meg akarta kimélni Boroomeo Sztent Károly milánói érseket az Alpokon akkoriban igen viszontagságos utazástól, s ezért a korábbi őrzési helyről - ahol tűzből mentették ki, a franciaországi Chambery-ből - vitette Torinóba a leplet.
